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具体来说，杀菌灭藻剂的作用可以细分为以下几点：杀灭水中微生物：在冷却水、工业循环水等系统中，由于温度、湿度适宜，微生物容易繁殖，而杀菌灭藻剂能够有效地杀死这些微生物，保持水质清洁。防止生物粘泥形成：微生物的大量繁殖会导致生物粘泥的形成，这些粘泥会附着在管道壁上，影响水流效率，甚至导致设备故障。使用杀菌灭藻剂可以这种情况的发生。减少设备维护成本：通过有效控制微生物的生长，可以减少因微生物引起的设备腐蚀和损坏，从而降低设备的维护和修理成本。提高系统的热效率：微生物的滋生会影响冷却系统的热交换效率。使用杀菌灭藻剂维持良好的水质，有助于提高系统的热效率，节约能源。延长水的使用寿命：杀菌灭藻剂通过控制微生物的活动，可以延长工业用水的更换周期，间接地节约水资源。
影响杀菌灭藻剂效果的原因1.温度：温度的升高有利于杀菌灭藻剂在作用点与细菌代谢中间产物的生化反应，加速杀菌灭藻剂的发挥。2.ph值：pH值对杀菌灭藻剂活性的影响对许多杀菌灭藻剂的抗菌性能影响很大：一些有机酸类防腐剂如苯甲酸、同城山梨酸、同城脱氢乙酸等，其抗菌作用是以分子形式存在的，当pH值≥ 7时会游离成负离子，失去抗菌活性。季铵盐杀菌灭藻剂在碱性介质中具有较高的抗菌活性，但在pH值较低时，具有较高的抗菌活性。当pH值从5增加到8时，溴酚的MIC值从10增加到25mg/kg；当pH ＞ 8时，油松容易分解，失去活性。
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工业循环冷却水、同城中央空调冷却塔等开放式循环系统中，原有的多种活体微生物，在适宜环境下不断繁殖生长，形成藻类、同城粘泥，以至于产生管道堵塞、同城降低热效率、同城引起腐蚀及卫生等多方面问题。藻类的产生降低了设备的工作效率，减少了设备的使用寿命，使经济效益下降。灭藻剂适用于循环冷却水系统，油田注水系统，冷冻水系统中，作为非氧化性杀菌灭藻剂，粘泥剥离剂使用，也可用作晴纶纤维染色的均染剂及其纺织加工前的柔滑和抗静电处理。
